Οι φλεγμονές είναι ένα φυσιολογικό στοιχείο της άμυνας του οργανισμού, όμως οι αυξημένες και άλυτες χρόνιες φλεγμονές είναι το κυριότερο αίτιο των διαταραχών που προκύπτουν από μία σειρά παθήσεων. Η ανεπάρκεια ή υπερεπάρκεια συγκεκριμένων μικροθρεπτικών στοιχείων (όπως φολικό οξύ, βιταμίνη Β12, Β6, Ε και ψευδάργυρο ) μπορεί να προκαλέσει αναποτελεσματική ή υπερβολική αντίστοιχα, φλεγμονώδη αντίδραση.

Επιπλέον μελέτες απέδειξαν πως η υπερβολική κατανάλωση λίπους και γλυκόζης αυξάνει τη μετα-γευματική φλεγμονή, η οποία έχει επιπτώσεις στην ανάπτυξη σακχαρώδους διαβήτη και καρδιαγγειακών νόσων. Η δυτικού τύπου διατροφή, πλούσια δηλαδή σε λίπη και απλά σάκχαρα αλλά φτωχή σε μικροθρεπτικά, συνδέεται με την αυξημένη επίπτωση ασθενειών με ισχυρό ανοσολογικό ή αυτοάνοσο υπόβαθρο, όπως τις αλλεργίες, τροφικές δυσανεξίες, ατοπική δερματίτιδα και παχυσαρκία.